Значај и вредност Мокрањчевог стваралаштва произлазе првенствено из његовог специфичног односа према фолклору као материји од које је стварао уметничко дело. Са интуицијом исконског уметника и са изванредним укусом, умео је да нађе праву меру у синтези народних мотива и надахнуте композиционе технике. Својим трезвеним односом према народном мелосу, који је код његових претходника, па и савременика, био романтичарски идеализован, Мокрањац представља композитора у чијем се делу испољава одумирање романтизма и рађање реалистичког националног правца.
У основи, Мокрањчево дело је могуће поделити на две групе: на световну и духовну музику. Поред тога, поставио је и темеље даљем развоју етномузикологије и музичке теорије у Србији. Бавио се сакупљањем и записивањем народних мелодија и напева од којих је велики број употребио у својим композицијама. Око 160 народних мелодија записао је 1896. године на терену Косова, а забележио је још око 300 мелодија из различитих крајева по сопственом сећању или по певању разних певача. Сачинио је и зборнике црквених мелодија Осмогласник и Страно пјеније који садрже београдску варијанту појања у српско- православној цркви.
На пољу световне музике, Мокрањац је био иницијатор и творац једног изузетног облика – Руковети, како их је поетски назвао, јесу сплет народних песама, често веома разнородних, уметнички обрађених и повезаних у изванредно складну целину, како у архитектури облика и компоновању садржаја, тако и у избору тоналитета и одговарајућег хармонског израза. Високу вредност Руковети чини и психолошко продубљивање између музике и текста који израста из народног живота, па ове композиције представљају најзначајнија дела његовог световног опуса. Мокрањац је компоновао 15 Руковети на основу народних мотива из Србије, Старе Србије и са Косова, из Црне Горе, Македоније и Босне. Истом облику припадају и Приморски напјеви (песме из Хрватског приморја), док његова најпознатија хорска минијатура Козар представља оригиналну уметничку творевину инспирисану народним мелосом. Мокрањац је компоновао и друге хорске композиције (Јадна драга, Две народне песме из XVI века, Четири обредне кајде, Химна Вуку Караџићу, Сељанчице), соло песме (Лем едим, Три јунака), сценску музику (Ивкова слава) и др.
На пољу духовне музике, у којој му је извор инспирације био традиционални црквени напев, Мокрањац је створио бројна оригинална дела која, по емотивној дубини и савршенству моделирања вокалних линија, долазе у ред класичних остварења у српској музици. Штавише, међу његовим духовним композицијама постоје такође висока ремек- дела. Најзначајнија дела из ове области Мокрањчевог стваралаштва су: Божанствена литургија Светог Јована Златоустог (из које је најпознатија Херувимска песма), Опело у фис молу (са најпознатијом песмом Њест свјат), Тебе Бога хвалим, Акатисти Богородици, Статије I, II, III и др.