Прва идеја о оснивању Мокрањчеве задужбине, појавила се у јавности 9. јануара 2001. године у Неготину, приликом прославе 145. рођендана највећег српског композитора Стевана Стојановића Мокрањца. Међутим, вишегодишњи покушаји да се задужбина региструје нису уродили плодом.
Припремајући се за обележавање 150. годишњице рођења Стевана Стојановића Мокрањца 2006. године, ради трајног обележавања имена и дела овог великана наше уметности, најстарија српска музичко - педагошка установа, Музичка школа Мокрањац из Београда, коју је под окриљем Првог београдског певачког друштва основао сâм Мокрањац, обновила је ову иницијативу.
Почетком септембра 2005. године, тадашњи директор Школе мр Бодин Старчевић, упутио је свим водећим установама из области музичког образовања, уметности и издаваштва, као и појединцима широм Србије који су својим деловањем повезани са Мокрањчевим делом, писмо са позивом да се формира Иницијативни одбор за оснивање Мокрањчеве задужбине.
Тако је 29. септембра 2005. године основан Иницијативни одбор и уз подршку Министарства културе и информисања Републике Србије, после двомесечне припреме, 30. новембра 2005. године, у просторијама Музичке школе Мокрањац, одржана је Оснивачка скупштина на којој су Уговор о оснивању фондације Мокрањчева задужбина потписали представници 16 установа. Усвојен је статут и изабрани су органи Задужбине.
Министарство културе и информисања Републике Србије, 27. децембра 2005. године, својим решењем одобрило је упис фондације Мокрањчева задужбина у Регистар фондација под редним бројем 66.
Свечано проглашење Задужбине, обављено је у Мокрањчевој родној кући у Неготину 9. јануара 2006. године, тачно на 150. рођендан Стевана Стојановића Мокрањца.
